Difficile de séparer les deux épisodes DS tant ils sont complémentaires. Phantom Hourglass est légèrement supérieur car il pose la plupart des bases de gameplay que reprendra Spirit Tracks sans chercher à les transcender complètement. Fait occasionnel dans la saga, Phantom Hourglass est la suite directe de l’épisode GameCube The Wind Waker, dont il reprend l’aspect visuel en cel-shading (d’où un côté cartoon très prononcé). Il réutilise les déplacements en mer à l’aide d’un bateau (cette fois à vapeur, simplifiant les contrôles) et la découverte d’îles à explorer.
Le contrôle de Link est également simplifié, tirant pleinement partie de l’écran tactile de la DS. Les sept donjons du jeu permettent ensuite au joueur d’avancer dans le donjon central et souterrain : le Temple du Roi des mers. À la manière de la Tour des Dieux dans Spirit Tracks, ce “giga-donjon” se traverse par palier, même si celui-ci dépend d’un compteur chronométré (car maudit) rendant l’exploration moins sereine – et plus proche des donjons de Majora’s Mask. Avec sa dimension onirique (le jeu se passe dans une dimension parallèle), Phantom Hourglass a une atmosphère décalée, comme une version plus loufoque de The Wind Waker. En sus, le jeu est agrémenté d’un mode multijoueur compétitif, héritier abouti de Four Swords sur Game Boy Advance.
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