25 ans après la saison 2, l’agent du FBI Dale Cooper est toujours prisonnier de la Loge noire alors que son doppelgänger, surnommé « Mr C. », sillonne les routes des États-Unis. Un autre double de Cooper, Douglas « Dougie » Jones, vit à Las Vegas, marié à Janey-E avec qui il a eu un petit garçon. Ce dernier retourne dans la Loge noire pour disparaître alors que le vrai Cooper, après avoir revu une Laura Palmer âgée qui lui annonce qu’elle n’est pas vraiment morte et qui lui murmure quelque chose à l’oreille, est expulsé du même lieu par le double maléfique de « l’Homme venu d’ailleurs », qui a la forme d’un arbre squelettique et électrique orné d’un cerveau humain. Ce dernier annonce à Dale Cooper, avant son expulsion, que s’il veut retourner sur Terre, son doppelgänger doit revenir dans la Loge noire. Semant la mort autour de lui, notamment en tuant ses complices payés pour le tuer par l’agent du FBI Phillip Jeffries, introuvable depuis longtemps, Mr C. est à la recherche d’un étrange symbole noir dessiné sur une carte à jouer. Le vrai Dale Cooper, dans un état catatonique et amnésique après être notamment tombé dans l’espace et avoir atterri dans un mystérieux lieu habité par deux femmes, prend la place de Dougie Jones, dont il mène la vie de famille et assure le travail, dans une compagnie d’assurances. Plusieurs personnes, dont un tueur à gages engagé par un certain Duncan Todd, lui-même engagé par Mr C. pour l’éliminer, tentent de le tuer.
Dans un immeuble à New York, un jeune homme, Sam Colby, est payé pour ne pas quitter des yeux une gigantesque boîte de verre transparente et pour changer les cartes mémoires de plusieurs caméras chargées de filmer la boîte transparente. Un soir, alors qu’il est en train de faire l’amour à une fille, Tracey Barberato, devant la boîte, une entité surnaturelle se forme à l’intérieur, la brise, et les massacre tous les deux.
L’agent du FBI Gordon Cole et le médecin-légiste Albert Rosenfield, tous les deux sans nouvelles de Cooper depuis de nombreuses années, sont mis au courant de ce meurtre par l’agent Tamara Preston…
